In Trier begann Friedrich Spee seine Laufzeit, indem er am 22. September 1610 im Jesuitenkonvent dem Orden beitrat und dort Teile seines Noviziats absolvierte. Als 1612 die Pest in der Stadt ausbrach, verbrachte man die Novizen nach Fulda, wo er auch das Ordensgelübde ablegte.

Nachdem Spee etliche Jahre in anderen Städten im Heiligen Römischen Reich deutscher Nation verbracht hatte, kehrte er 1632 wieder nach Trier zurück, um an der Universität zuerst Moraltheologie, Kasuistik und anschließend Exegese zu lehren. In den folgenden Jahren übernahm er neben seiner Lehrtätigkeit auch die Seelsorge in den Gefängnissen und einigen Krankenhäusern der Stadt. Dennoch gelang es Spee, seine bereits begonnene Liedersammlung „Trutz-Nachtigall“ zu vollenden und das „Goldene Tugend-Büchlein“ zu überarbeiten.

Während Friedrich Spees Leben bisher weitgehend von den eigentlichen Kampfhandlungen des Dreißigjährigen Krieges und deren unmittelbaren Folgen verschont blieb, erlebte er im März 1635 die handstreichartige Eroberung Triers durch kaiserlich-spanische Truppen. Neben der Einnahme der Stadt gelang den kaiserlichen Truppen auch die Gefangennahme Kurfürst Philipp Christophs von Sötern, welcher im Jahr 1632 die Einquartierung französischer Truppen in der Stadt zugelassen hatte, um seine Politik der Herauslösung seines Territoriums aus dem Verband des Heiligen Römischen Reiches voranzutreiben. Nach dem Ende der Kampfhandlungen widmete sich – wie viele Geistliche in der Stadt – nun auch Spee der Pflege und seelsorgerischen Betreuung der zahlreichen Verwundeten.

Durch die große Menge an Soldaten eingeschleppt, konnten sich in Trier die Pest und andere Krankheiten ausbreiten – und auch Friedrich Spee gehört zu ihren Opfern: Er infizierte sich bei der Pflege von Kranken und verstarb am 7. August 1635 im Alter von 44 Jahren. Sein Leichnam wurde in der Gruft der Jesuitenkirche beigesetzt.