Nachdem Spee seine ersten Ordensgelübde in Fulda abgelegt hatte, wurde er 1612 zum Studium der Philosophie nach Würzburg geschickt. Dort studierte er 1582 wiedergegründeten Universität, wo sowohl die theologische als auch die philosophische Fakultät von Jesuiten geführt wurde.

Der Fürstbischof von Würzburg und Herzog in Franken, Julius Echter von Mespelbrunn (1545-1617), setzte nicht nur ein ambitioniertes Bau- und Wirtschaftsprogramm um, sondern bemühte sich auch um die Konsolidierung seiner Macht. Ebenso galt er als strenger Verfechter der Gegenreformation, der die konfessionelle Einheit in seinem Territorium durch die Rückbekehrung großer Teile zum Katholizismus und die Vertreibung von konversionsunwilligen Protestanten vorantrieb. Um seine Machtposition gegenüber den lokalen Eliten, dem ortsansässigen Stiftsklerus und der breiten Bevölkerung durchzusetzen, bediente sich Echter von Mespelbrunn auch des Instruments der Hexenprozesse. Die in den letzten Jahren seiner Regierung durchgeführten Verfolgungen und sie begünstigenden Strukturen in der Rechtsprechung und –praxis führten zu einer großen Prozesswelle im Bistum Würzburg, die bis zur Mitte des 17. Jahrhunderts anhielt.

Diesen Umständen zum Trotz scheint Spee selbst in Würzburg eine glückliche Zeit durchlebt zu haben – er widmete der Stadt ein Loblied in Reimen. Allerdings musste er die Stadt nach seinem Magisterabschluss im Jahre 1615 verlassen.